Футбольный клуб «Анжи-Юниор» был создан в ходе сотрудничества ФК «Анжи» (Махачкала) и международной футбольной школы для детей «Юниор».
Планируется, что «Анжи-Юниор» должен стать вершиной футбольной пирамиды, в основании которой будут почти 400 школ для детей в 200 городах России и мира, откуда лучшие воспитанники смогут попасть в академию «Анжи-Юниор» в Зеленодольске, где в ближайшее время начнётся строительство интерната со всей необходимой инфраструктурой и крытого футбольного манежа.
В апреле 2017 года в Зеленодольск с официальным визитом приезжал президент «Анжи» Осман Кадиев, который будет оказывать финансовую поддержку как клубу, так и академии.
Помимо этого достигнута договорённость о всестороннем сотрудничестве между клубами с президентом «Рубина» Ильсуром Метшиным. Идею данного проекта поддержало руководство Республики Татарстан и Министерство спорта. В настоящий момент при поддержке мэра Зеленодольска Александра Тыгина ведутся активные работы как по организации тренировочного процесса, так и по оформлению всех необходимых документов для создания нового клуба.
В мае футбольный клуб «Анжи-Юниор» получил лицензию на участие в Первенстве ПФЛ 2017/2018.